因为太空梭偏离预定轨道，导致雷普利飘荡在太空57年才被救援队发现救起。当年为了消灭异形，她将一艘价值4亿美元的星际货船炸毁，公司高层并不相信有异形怪兽这种东西，于是吊销了雷普利的飞行驾照，当她质问审判人员时，人家告诉她此时此刻，LV426星球已经有将近70个殖民者家庭在上面生活了二十多年，从来没有听他们提起过“异形“
LV426星球上，一名殖民工程师携带着家人四口离开基地前去一处网格点做勘察，他们发现了巨人的飞船残骸，遵循先到先得的原则，他们决定进去一探究竟，结果在里面碰到了抱脸虫，之后整个基地便与地球失去了联系
目前只有雷普利熟悉LV426星球的情况，于是本次调查事件的负责人、维兰德公司的伯克想邀请雷普利参与调查行动，条件是完成任务可以恢复雷普利飞行员的身份。雷普利本来不想参与，但是她长期受到异形噩梦的困扰，既然摆脱不了恐惧她选择直面恐惧。在和伯克确认本次行动是去消灭异形而非其他任何研究性质后，雷普利才答应前往
一起同行的还有十几名海军陆战队人员和一名叫做主教的生化人，其实对于生化人雷普利是抗拒的，毕竟第一部中的生化人艾希就给她挖了很大的坑。而海军陆战队非常轻视雷普利描述的异形，认为只是去抓几只虫子用不着大惊小怪
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他们到达LV426上空后，将母舰留在近地轨道，所有人通过登陆舰前往基地，落地后的第一时间海军陆战队就前往一线展开调查，基地内一片狼藉有明显的打斗痕迹，地板上有异形血液腐蚀出来的孔洞，当他们经过医疗试验室时，试验缸里居然泡着几只抱脸虫的标本，其中两只还是活着的，与此同时，活动侦测器显示他们隔壁房间出现了运动的生物，在确认了是非队友的位置后，雷普利一行人准备去查看情况
突然一个人影闪过，其中一个士兵过于紧张差点走火误伤队友，雷普利弯腰从洞口望去时，发现一个抱着洋娃娃的小女孩正害怕的看着他们，当一个大兵尝试将小女孩拉出时她却跑到了底板下面
雷普利选择钻进去搞清楚状况，等他们出来后，雷普利给她拿了巧克力热饮，还帮她擦拭脸上的灰尘。慢慢的女孩放下戒心，告诉雷普利她的名字叫纽特，爸爸妈妈和弟弟已经死了，而她正是影片开始时看到爸爸被抱脸虫杀死后尖叫的女孩
每个殖民者身上都被植入过一种个人资料传感器，如果在20个单位内，就会在电脑上显示出他们的位置，根据定位显示一些殖民者在主冷却塔下面
当他们走到冷却塔下面时，发现部分人类被异形固定在了墙壁上，其中一个人类还未死亡，但她说的第一句话就是赶紧给他个痛快，就在队员准备将她解救出来时，异形从她胸口爆胸而出，众人见状使用喷火枪将异形烧死
活动侦测器显示他们周围全是目标，但是由于光线太暗，而异形又不在红外线波段内，相当于是摸黑行动。队友先后被异形攻击，慌乱中还引爆了手雷。而格曼还在试图了解发生了什么情况，雷普利见指挥官无能，只能开车前去营救
最后只有队员毕斯格、哈德森和队长希克斯三人活了下来，在最后关车门的一刹那，一只异形阻挡住了车门关闭，队员用枪将异形爆头，但是溅出的液体腐蚀了他的手臂，好在他们及时逃了出去
等他们回到主基地控制室时，开始商量如何消灭异形，雷普利建议直接使用核弹摧毁整座星球，只有伯克一人认为异形还有研究价值，海军陆战队伤亡惨重，同意雷普利的做法，最终决定起飞后使用远程核弹引爆星球
希克斯让在登陆舰待命的两名队员去接应他们，队员在登陆舰上发现了异形的粘液，但是他并不知道这意味什么，没有在意就起飞了，就在他们即将抵达接应点时，登陆舰上的两名队员也被攻击，随后登陆舰失控撞向了雷普利他们，幸好他们及时躲开
失去支援后他们重新回到主基地，半生化人主教一直在研究抱脸虫的尸体，他们推测出可能是有一只类似蚁后的异形专门负责生产抱脸虫蛋。为了避免未知的危险，雷普利让主教销毁化验室的虫卵，但是思维耿直的主教立即说伯克让他把这些试验品带回地球研究。伯克见愣头青出卖了自己，解释到异形是他们第一次发现地外生物，这些标本肯定是价值连城，典型的要钱不要命
在雷普利和伯克争执时，主教发现大气处理机的散热系统破坏严重，持续下去作为动力系统的核反应堆会发生爆炸，大概还有四个小时，不用等异形来他们就会在核爆炸中丧生
现在唯一的办法就是遥控母舰派一艘飞船营救他们，但通讯设备在战斗中已经全部瘫痪。希克斯想到距离基地不远处还有一座信号塔可以用，异形可能已经将他们包围，如何去到信号塔成了问题。主教主动请缨，表示这里只有他有权限远程操控母舰，自己可以通过180米管道前往信号塔
主教来到信号塔控制室后，成功连接到了停留在太空的母舰，远程释放了一艘运输舰前来救援，大概50分钟后运输舰就能到达
在实验室休息的雷普利看到两个存储抱脸虫的器皿倒在地上，意识到危险的她叫醒纽特准备离开，这时一只抱脸虫突然朝雷普利飞扑了过来，幸好雷普利反应迅速掀起床板将抱脸虫盖在床板下。抱脸虫重新躲了起来，雷普利准备开门离开实验室，可是门却被锁死打不开，当她凑近监控器寻求帮助时，另一端的伯克选择了视而不见并关闭监视器屏幕，无奈雷普利使用打火机出发了火警报警系统，希克斯这才发现了实验室的异常情况，立即和队友赶往实验室
这时雷普利已经被抱脸虫缠住脖子，但是身体还被雷普利紧紧握在手里。旁边的纽特被另外一只抱脸虫袭击，纽特用桌子夹住了抱脸虫的触手。僵持下希克斯和队友也终于赶到，哈德森用枪突突了攻击纽特的抱脸虫，希克斯和其他人抓住了袭击雷普利的抱脸虫，三人合力才勉强将抱脸虫拉开，然后在队友的配合下突突死了抱脸虫
雷普利意识到这是伯克的阴谋，等众人将伯克控制起来，原来伯克是想利用“人体藏虫”的手段通过安全检疫把异形带回地球，这时基地却突然断电，他们意识到这是异形发起了进攻，
活动检测器上显示大量的异形正在向他们靠拢，就在他们死死盯着大门时，天花板上传来了爬行声。希克斯掀开一块隔板查看，一群异形立即朝他爬过来，他开枪攻击，大量的异形掉落下来。所有人同时开枪射击，无奈异形数量太多，雷普利只能让大家边打边撤，不讲武德的伯克跑过一节通道后关上了大门
其他人火力压制异形为雷普利争取开门时间，这时底板下面突然钻出了一只异形，哈德森没有及时发现被拖了下去，毕丝格让希克斯帮忙开门，她使用榴弹炮攻击异形，强大的火力暂时压制了异形的进攻，与此同时大门被打开了，所有人撤到了门后面，但这只是一个很小的隔间，下一道门还是被伯克反锁
反观伯克这边，本想“独善其身”的他，一只异形将他变成了晚餐
就在众人想办法如何逃离时，纽特打开通风管的格栅，所有人从这里钻了出去。原来这是纽特跟小伙伴玩捉迷藏发现的一条通道，之前他也曾在这里躲避过异形的攻击， 随后在纽特的带领下，他们朝着停机坪的位置靠近
另一边的异形已经破坏了大门冲了进来，狭小的管道内是异形的主场，毕丝格拖住异形让其他人撤退，很快他的弹药就用尽了。这时管道上方也冲下来一只异形，攻击中异形的血液溅到了她腿上，这时格曼赶过来救他，前方的通道也出现一只异形堵住了通道，他们已经毫无生存的希望，格曼引爆了一颗手榴弹，选择与异形同归于尽
爆炸产生的冲击波顺着管道蔓延，将正在出管道口的纽特吹掉落到另一节的管道中，雷普利曾经将希克斯送给他的定位器给了纽特，于是他们根据定位系统前去找纽特。此时的纽特掉落在了下水道中，等雷普利他们赶到时，由于下水道在隔板下方，纽特赶紧伸手示意自己的位置，就在希克斯切割隔板时，活动侦测器检测到他们附近有一只异形，镜头给到在水中的纽特，一只成年异形从水中钻出，纽特吓出了尖叫声，这时隔板也被切开，可是异形已经带着纽特潜入水底不见了
希克斯只好拉着雷普利继续逃亡，他们需要上到地面的停机坪，就在他们乘坐的电梯关门的一刹那，一只异形阻止了电梯关门，希克斯用枪将异形爆头，但是他厚厚的盔甲也被异形溅出的血液腐蚀，即使他快速脱掉了盔甲，还是受到了伤害。
好在他们成功登上了运输机，雷普利跟主教确认基地还有26分钟爆炸，她不顾两人的反对装配好武器准备去营救纽特，让主教在空中停机平台等她们
雷普利一边使用喷火枪探路，一边留下记号方便返回。跟着定位器的指示，她只找到了纽特留下的定位器，但是并没有看到纽特人，雷普利绝望到了极致
这时纽特在异形粘液的包裹中醒来，他面前的抱脸虫蛋此时也缓缓打开，纽特发出了绝望的喊叫，声音正好被雷普利听到，雷普利寻着声音找过去，此时的抱脸虫正要发起攻击，被赶来的雷普利一枪命中，面对其他异形的攻击，雷普利使用突突枪很快就将他们解决了
她将纽特从粘液中抱出来，这时基地的核反应堆越来越不稳定，一些地方开始发生爆炸，慌乱中雷普利带着纽特走到了一片全是抱脸虫蛋的地方，当她回过头，本剧的最大反派异形女王亮相了，这种压迫感满满的生物，让雷普利瞬间就呆住了
此时正在生产的异形女王并不能挪动身体，然后它就通过嘶吼唤来了其他的异形，赶来的几只异形将雷普利围了起来，但是他们并没有急于发出进攻而雷普利也很淡定，他先是将喷火枪朝空中喷射火焰示威，然后将枪口对准一枚抱脸虫蛋，果然异形女王让其他准备进攻的异形退守了，然后雷普利准备撤离，此时部分的抱脸虫蛋开始张开。雷普利知道他们不会就此罢休，她举起喷火枪开始焚烧这些蛋，很快这里成了一片火海，异形女王通过嘶吼让其他异形发起进攻，射完穿甲弹，然后又使用高爆弹击中异形女王的卵巢，瞬间卵巢就被击破
她带着纽特准备离开，将身上所有炸药全都扔进了巢内，瞬间一片火海吞没了女王的巢穴，但是并没有杀死她
此时异形女王生育系统被毁，没有了“负担“的异形女王怎么可能轻易放他们离开
雷普利跟着之前放置的信号来到电梯间，女王过来的最后一刻电梯门关上了，为了阻止女王破坏电梯，雷普利使用火枪逼退了女王
当他们到达停机坪时，货运舰此时却不在，雷普利气的破口大骂，果然生化人都不靠谱
就在这时，雷普利发现女王乘坐另外一部电梯上来，毫无退路的雷普利抱紧纽特准备跟女王同归于尽，身后升起了货运舰，原来主教并没有离开，只是停机平台受爆炸影响不稳，他只能四处盘旋等待雷普利到来，他们登上货运舰后，主教一脚油门就离开了，此时基地核反应堆彻底爆炸，伴随着巨大的蘑菇云升上高空
等他们到达母舰，雷普利在感谢主教时，地面突然出现异形的体液在腐蚀甲板，没等他们反应过来，主教便被女王用触角刺穿了胸膛，原来女王躲在了货运舰的起落架里面，随他们一起进入了母舰。主教的身体被女王直接撕成两半
然后女王将目光锁定了雷普利，雷普利见状让纽特躲起来，而她吸引着女王的注意力跑到地舱的通道处快速的关闭了舱门，此时的地舱内只剩下了女王和纽特，破门不成的女王转头去找纽特
女王通过嗅觉找到了纽特，将隔板扔开，纽特已经躲到了底板的尽头
这时地舱门打开，雷普利穿着重型货运机器人对付女王，虽然不灵活，但胜在力气大，面对女王的攻击，雷普利扬起拳头将女王击倒在地
打斗中雷普利打开空气舱，然后用机械手臂掐住女王，准备利用空气舱将它排到太空，但是女王却将头伸过来，用嘴里的小嘴攻击驾驶舱的雷普利，雷普利见状开启火焰喷射将女王一步步逼向了空气舱，女王被顺利推下，但是他抓着重型货运机器人的手臂并没有松开，雷普利随着女王一起掉了下去
雷普利钻出驾驶舱通过步梯往上爬，却被女王的触手抓住脚踝，为了整艘母舰和人类的未来，雷普利毫不犹豫的打开了空气舱的舱门，最终女王也被吸入太空，纽特在被吸入空气舱的最后，被上半截身子的主教所救
此时的雷普利也爬了上来，用尽最后一丝力气关上了舱门，雷普利再一次战胜了异形
影片的最后，重伤的主教和希克斯都进入了休眠舱，而雷普利安顿好纽特休眠后自己也进入了休眠舱返回地球
相比第一部的一只异形，这部多达上百只，但是却没有第一部营造出那种强烈的恐怖感
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