2006年秋天，北美的养蜂人开始报告整个蜜蜂群的消失，这似乎是在一夜之间。仅在北美，就有数千个蜂群因蜂群崩溃症而消失。关于蜂群崩溃症病因的理论几乎与蜜蜂消失一样迅速地出现，尚未确定单一原因或明确答案，大多数研究人员预计答案在于多种因素的组合，以下是菌落崩溃症的十个可能原因。
1，营养不良
野生蜜蜂以其栖息地的多样性花卉为食，享受各种花粉和花蜜来源，商业上使用的蜜蜂将它们的觅食限制在特定的作物上，例如杏仁、蓝莓或樱桃。由于郊区和城市社区提供的植物多样性有限，因此业余养蜂人饲养的蜂群可能也不会好到哪里去，以单一作物或有限品种植物为食的蜜蜂可能会遭受营养缺乏，从而给免疫系统带来压力。
2，农药
任何昆虫物种的消失都将农药的使用作为潜在原因，蜂群崩溃症也不例外，养蜂人特别担心菌落崩溃症与新烟碱类或基于尼古丁的杀虫剂之间可能存在联系。已知一种这样的杀虫剂吡虫啉以类似于蜂群崩溃症症状的方式影响昆虫，确定致病农药可能需要对受影响菌落遗弃的蜂蜜或花粉中的农药残留进行研究。
3，转基因作物
还有一个可能是转基因作物的花粉，特别是经过改造以产生苏云金芽孢杆菌毒素的玉米，大多数研究人员都同意，单独接触苏云金芽孢杆菌毒素花粉不是菌落崩溃症的可能原因，并非所有以苏云金芽孢杆菌毒素花粉为食的蜂箱都收影响于蜂群崩溃症，一些受蜂群崩溃症影响的菌落从未在转基因作物附近觅食。然而，当这些蜜蜂因其他原因损害健康时，苏云金芽孢杆菌毒素和消失的蜂群之间可能存在联系。
4，迁徙养蜂
商业养蜂人将蜂箱出租给农民，从授粉服务中获得的收入比仅靠蜂蜜生产赚取的收入还要多，蜂箱堆放在拖拉机拖车的背面，覆盖并行驶数千英里。对于蜜蜂来说，蜂巢的定位对生活至关重要，每隔几个月就要搬迁一次，一定会有压力。此外，由于蜜蜂在田间混杂，在全国范围内移动蜂箱可能会传播疾病和病原体。
5，缺乏遗传生物多样性
几乎所有的蜂王，以及随后的所有蜜蜂，都来自数百个繁殖蜂王之一，这种有限的基因库可能会降低用于开始新蜂巢的蜂王的质量，并导致蜜蜂更容易受到疾病和害虫的影响。
6，养蜂方法的实践
对养蜂人如何管理蜜蜂的研究可能会决定导致蜂群消失的趋势，蜜蜂的喂养方式和喂养方式肯定会直接影响它们的健康，分裂或合并荨麻疹、使用化学杀螨剂或使用抗生素都是值得研究的做法。很少有养蜂人或研究人员相信这些做法是蜂群崩溃症的唯一答案。然而，这些对蜜蜂的压力可能是促成因素，需要仔细审查。
7，寄生虫和病原体
已知的蜜蜂害虫、臭虫和气管螨本身不会导致蜂群崩溃症，但有些人怀疑它们可能会使蜜蜂更容易受到感染，养蜂人最害怕瓦螨，因为除了作为寄生虫造成的直接损害之外，它们还会传播病毒。用于控制瓦螨的化学品进一步危害蜜蜂的健康，蜂群崩溃症难题的答案可能在于发现一种新的、身份不明的害虫或病原体。
8，环境中的毒素
蜜蜂暴露于环境中的毒素也值得研究，一些可疑的化学物质是导致菌落崩溃症的原因，可以对水源进行处理以控制其他昆虫，或包含来自径流的化学残留物。觅食的蜜蜂可能会通过接触或吸入受到家用或工业化学品的影响，接触有毒物质的可能性使得确定明确的原因变得困难，但这一理论需要科学家的关注。
9，电磁辐射
一项广泛报道的理论认为，手机可能是导致菌落崩溃症的罪魁祸首，但事实证明，这种理论并不准确地反映了在德国进行的一项研究，科学家们寻找蜜蜂行为与近距离电磁场之间的联系，他们得出结论，蜜蜂无法返回蜂巢与暴露于此类无线电频率之间没有相关性，科学家们强烈否认任何关于手机或手机信号塔是对蜂群崩溃症负责的说法。
10，气候变化
全球气温上升会导致整个生态系统的连锁反应，不稳定的天气模式会导致异常温暖的冬天、干旱和洪水，所有这些都会影响开花植物。植物可能在蜜蜂飞翔之前提前开花，或者根本不开花，从而限制了花蜜和花粉的供应，一些养蜂人认为全球变暖是蜂群崩溃症的罪魁祸首，即使只是部分原因。
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